近年来，南通海事局积极开展反走私综合治理工作，严把口岸查验关，牵头开展走私船舶鉴定；船舶交通管理中心与现场海巡艇联动，不断加大对走私可疑船舶的甄别和打击力度；加强与引航、海关、海警、公安等部门的协调配合，反走私协作能力不断提升；强化港池河口水域监管，逐步消除走私船舶安身之所，反走私工作战果显著。

据统计，该局近年来共查获走私船舶21艘，涉案走私货物包括冻品3000吨，白糖1000吨，成品油4171吨，煤炭12000吨，海砂1万吨；牵头开展了35艘涉案走私船舶联合专家鉴定工作；依据职责对6艘走私船舶进行了海事行政处罚，罚款金额35.2万元；先后多次安排执法人员和海巡艇参加南通市打击走私“亮剑”、“惊雷”等专项行动，有力打击了走私违法犯罪行为的嚣张气焰。